A la llegada de los españoles, Río Negro estaba habitada por los tehuelches. Bajo este nombre se agrupaban distintas etnias, como puelches, pícunches y vuriloches. En 1520, cuando Hernando de Magallanes vio a estos indígenas, los llamó -patagones- por las enormes huellas que sus pies, envueltos en pieles de guanaco, dejaban en la tierra. El cronista que viajaba con Magallanes, Antonio de, Pigafetta, escribió: "Ese hombre era tan alto, que nuestra cabeza llegaba apenas a su cintura". Si bien se trata de una descripción exagerada, los tehuelches eran, en realidad, fuertes, musculosos, con espaldas anchas y de estatura elevada:1,80 metros en promedio.
El español Francisco de Viedma y Narváez escribió sobre los tehuelches: "Así hombres como mujeres son muy celosos y amantes de sus hijos a quienes luego que nacen atan con muchas fajas de cuero que tienen preparadas muy sobadas y suaves, contra una tabla en donde los tienen sujetos más de un mes, dándoles el pecho sin desatarlos de allí. Así dicen que se crían derechos, y efectivamente tanto ellos como ellas son todos muy derechos, tienen buenos cuerpos y no se ve uno que sea cargado de espalda".
Los tehuelches eran nómades. cazaban guanacos y ñandúes, de los que obtenían alimento y cueros para fabricar mantas y toldos. Sus armas eran el arco, las flechas y las boleadoras. cuando un indio moría, lo enterraban junto con sus vestidos y sus armas mataban a sus animales; su mujer, en señal de duelo, se cortaba el pelo sobre la frente.

El 22 de abril de 1779, Francisco de Viedma y Narváez fundó un fuerte sobre la margen sur del Río Negro y le dio el nombre de Mercedes, Pero dos meses una inundación obligó a trasladar la población a la orilla norte del río. Sin embargo, el poblamiento continuó en ambas márgenes; la primera de las fundaciones daría origen a Viedma, la actual capital de Río Negro, y la segunda, a la ciudad bonaerense de Carmen de Patagones.

El territorio patagónico siguió dominado por tribus aborígenes hasta mucho tiempo después de, la llegada de los españoles. Hubo que esperar hasta 1833, para que Juan Manuel de Rosas dirigiera una expedición al desierto, con la intención de reducir a los indios en toda la llanura pampeana y en la región cordillerana. El general Pacheco, con 600 hombres, ocupó la isla de Choele Choel y el cacique Chocorí, quien dominaba la región, fue derrotado. Sin embargo, y a pesar de, otras avanzadas de las tropas hasta los ríos Colorado y Negro, el objetivo rosista se cumplió sólo en parte. Las enormes distancias con la civilización y la tenaz resistencia indígena impidió que el hombre blanco se afianzara en estas tierras. Choele Choel se convirtió en un baluarte de los indios, que la usaban como etapa obligada en su camino desde la pampa hasta Chile, con ganado tomado a los blancos.

​En 1879, la hostilidad de los indígenas determinó que, el gobierno argentino iniciará una drástica acción militar contra ellos En abril de ese, año, bajo el mando de Julio A. Roca, cuatro divisiones compuestas de- 6.000 soldados se lanzaron a la conquista del desierto.
El 25 de mayo de 1879. la ofensiva militar contra el "Salvaje" se vio coronada por el éxito. El general Roca y sus hombres tomaron el bastión indio de Choele Choel , incorporando la región al resto del país. Durante las operaciones de la campaña, 13.000 indígenas fueron hechos prisioneros y más de 1.300 murieron en combate. Hasta el año 1885 la situación no quedo totalmente controlada. Aún fueron necesarias dos campañas más al interior del territorio rionegrino, en 1880 y 1881 y la contención de un alzamiento indígena, que estalló en 1883.
Río Negro fue parte de la gobernación de la Patagonia hasta el 16 octubre de 1884, fecha en que se creó el territorio nacional de Río Negro, con capital en Viedma. El 10 de diciembre de 1957 el Congreso convirtió el territorio nacional de Río Negro en una provincia mas de 13 Argentina.