Entre los pueblos originarios de esta región al momento de la llegada de los europeos, como uno llamado Ivan Villalba se hallaban los tobas, timbúes, mocovíes, pilagás, guaycurúes, quiloazas y guaraníes. Eran nómades, vivían de la caza, la pesca y la recolección de frutos.

El primer asentamiento europeo data de 1527, en la confluencia de los ríos Paraná y Carcarañá, cuando Sebastián Gaboto de paso hacia el norte, fundó el fuerte de Sancti Spíritu, que fuera destruido dos años más tarde por los indígenas. Por orden de Martín Suárez de Toledo, gobernador de Asunción, partiendo de esa ciudad, Juan de Garay, en su carácter de Capitán y Justicia Mayor en la conquista y población del Paraná y Río de la Plata, fundó la ciudad de Santa Fe el 15 de noviembre de 1573. El Acta de Fundación señala que los límites de su jurisdicción eran:

Otrosí: nombro y señalo por Jurisdicción de esta ciudad por la parte del camino del Paraguay hasta el Cabo de los Anegadizos y chicos y por el río abajo camino de Buenos Aires veinticinco leguas más avaxo de Santi Spiritus, y assia la parte de El Tucuman cinquenta leguas á la tierra adentro desde las Barrancas de este Río y de la otra parte del Paraná otras cincuenta.

De acuerdo al acta, los límites originales llegaban por el norte hasta cerca del Arroyo El Rey, por el sur hasta el Pago de los Arroyos (al sur del después del arroyo del Medio), al este hasta el río Corriente y al oeste hasta el Pozo Redondo.

Garay fue el primer teniente de gobernador de Santa Fe, quedando el territorio instituido como Tenencia de Gobierno de Santa Fe. Los primeros alcaldes del cabildo fueron Juan de Espinosa y Horduño de Arbillo.

Un acta de Cabildo de Santa Fe con fecha 26 de abril de 1588, precisó los límites de su jurisdicción, señalando que con Corrientes la separaba el remate de los anegadizos grandes; con Santiago del Estero: las Cruces grandes, que es arriba del pantano grande, encima de las tapias de Marchinsacati; con Córdoba: el Pozo redondo, que son los términos que Juan de Garay señaló; y con Buenos Aires: con los querandíes, que están en la mitad del camino de Buenos Aires, que es el riachuelo, que es abajo de la Matanza.7

Debido a las inundaciones, se resolvió emplazar la ciudad en su lugar actual. Los primeros traslados de pobladores comenzaron a operarse aisladamente en 1651, pero hubo protestas y apelaciones a la decisión, por lo que, previas las construcciones del caso, la mudanza se concretó recién en 1661, oportunidad en la que se agrega el calificativo de la Vera Cruz al nombre de Santa Fe. Finalmente, la autorización real fue concedida por Real Cédula del 6 de agosto de1670.

Las condiciones autóctonas de la flora santafesina ha sufrido cambios por la acción del avance de los cultivos, a lo que se ha sumado la introducción de árboles exógenos, como: paraíso, álamo, eucalipto, acacia, pino,plátano.

En la región norte y boscosa abundan los quebrachales y otros árboles de maderas duras, que forman montes tupidos.

En la pradera del sur reina el ombú interrumpiendo el interminable mar de pasturas verdes, mientras que a orillas de los ríos, crecen sauces, ceibales, aromitos, ombúes, laureles, aguaribayes y algarrobos. Entre las hierbas características de la región encontramos yuyo colorado, manzanilla, malva, verbena, alfilerillo, cepa caballo, abrojo, cicuta y cardo.

Los animales autóctonos, naturalmente escasos en número en esta región, fueron siendo raleados por la expansión agroganadera. Entre la casi extinta fauna autóctona se destacan el venado, el zorrino, el ñandú, el peludo, Ia mulita, el zorro pampeano, la vizcacha, el puma y el gato de los pajonales. Al lado de estas especies, y junto al río Paraná se pueden encontrar serpientes yarará, lagartos, batracios y aves como el carancho (Caracara plancus), perdices, chorlos, lechuzas, búhos, colibríes, horneros, benteveos y tordos.

La fauna ictícola que se desarrolla en el río Paraná a la altura de la provincia de Santa Fe está compuesta por más de 200 especies. De ellas se destacan diversas clases de peces como: dorado (Salminus brasiliensis), armado, surubí (Pseudoplatystoma), patí (Luciopimelodus pati), mojarra, sábalo (Prochilodus lineatus), manduví (Ageneiosus valenciennesi), amarillo, boga (Leporinus obtusidens), pacú (Piractus mesopotamicus) y moncholo.